许多抗感染药物较易通过胎盘屏障进入胎儿体内，其中某些药物在体内消除较慢或在组织中蓄积多，对胎儿的毒性远比母体严重。妊娠期被列为慎用或禁用的可能致畸的抗菌药如四环素类、氯霉素、氨基糖苷类、喹诺酮类、磺胺类、硝基咪唑类等。药物对胎儿及新生儿的作用表现较为典型的综合征，如四环素类能引起小胎综合征，表现为体部及脑发育低下，关节活动差，对新生儿、婴幼儿牙齿、骨骼发育的影响，对肝脏的损害及加重氮质血症等；氯霉素引起灰婴综合征等，基于以上因素孕妇均须避免应用这些药物。
1．妊娠期慎用的抗感染药物
某些抗感染药物对母体和胎儿有一定影响，临床应用中如有用药指征应充分权衡利弊后再慎重选用。
(1)氨基糖苷类抗生素有耳、肾毒性，但其发生率为3%～11%，故应根据病情谨慎使用。婴儿出现听力障碍主要与用药量有关，与妊娠月份的关系不大，必需应用时可考虑给药剂量及给药时间，如小剂量短时间用药。链霉素、卡那霉素对第八对脑神经损害的危险性高于其他氨基糖苷类药物，妊娠期避免使用。
(2)甲硝唑、替硝唑、奥硝唑等硝基咪唑类抗厌氧菌、治疗滴虫病药物对细菌细胞有致突变作用，故认为对人类亦有危险，因此妊娠前期（头3个月）内轻易不要使用，确有必要使用时，以局部应用为妥。
(3)抗菌中草药大青叶有直接兴奋子宫平滑肌的作用，故大剂量可导致早产，应慎用。板蓝根和大青叶属同类植物，亦应慎用。
2．妊娠期禁用的抗感染药物
此类药物能致胎儿畸形或对母体及胎儿有不良影响。
(1)喹诺酮类抗菌药物现今常用的有诺氟沙星（氟哌酸）、环丙沙星、氧氟沙星、左氧氟沙星等氟喹诺酮类抗菌药物，在动物中并未证实有致畸、致突变作用，但该类药物用于幼犬和幼鼠的实验中，可因承重关节软骨的永久性损害而致跛行，在其他几种未成年动物中也可致关节病发生，因此该类药物应避免用于妊娠期妇女及婴幼儿。
(2)依托红霉素（无味红霉素）可导致孕妇肝内胆汁淤积症和肝脏受损，孕期禁用。
(3)磺胺类药物易通过胎盘，孕妇用药后15min胎儿血浓度可达母亲80%以上，3h后两者几乎相等，因胎儿对磺胺乙酰化的能力较成人低，故一段时间后胎儿血药浓度超过母亲，此现象在使用长效磺胺时更显著。动物实验表明长效磺胺有致畸作用，因其有抗叶酸作用，妊娠早期应用有致畸可能；妊娠晚期及分娩前应用可引起新生儿血小板减少，溶血性贫血；葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G-6-PD)缺乏的孕妇应用磺胺类药物可引起正铁蛋
白血症，有致新生儿核黄疸危险，尤其早产儿更危险；磺胺类药物中蛋白结合率高者，可将胆红素从其血浆蛋白结合部位上置换出来，妊娠后期服用可能使新生儿出现严重黄疸或核黄疸。甲氧苄啶(TMP)为叶酸拮抗剂，可能有致畸作用，故孕妇不推荐使用磺胺类药物。
(4)四环素类四环素类药物孕期使用易进入胎儿血循环，抑制胎儿骨骼生长，在动物中有致畸作用，以及妊娠期间患者对四环素的肝毒性反应尤为敏感，应避免使用。妊娠前期使用可致胎儿四肢发育不良和小肢畸形；妊娠中期使用可致牙蕾发育不良；妊娠后期使用能引起孕妇肝功能衰竭，故整个孕期应禁用四环素类抗生素（包括土霉素、多西环素、米诺环素等）。
(5)氯霉素类妊娠晚期及分娩时大量使用氯霉素，可透过胎盘在胎儿体内蓄积，不能被胎儿充分代谢，血浓度高，在较早期能抑制胎儿的蛋白质合成而影响生长，但无更多引起损害的报道。新生儿肝脏对氯霉素解毒能力较低，在分娩前不久或出生后48小时内即给予高剂量的氯霉素，持续治疗3～4天则可导致新生儿出现“灰婴综合征”，出生后表现为呕吐、畏食、腹胀，进一步产生循环衰竭；也可因骨髓功能受抑制而发生血小板减少症、粒细胞减少，故孕晚期禁用。
(6)呋喃类先天性G-6-PD缺乏的胎儿及乳儿有引起溶血可能，妊娠早期应用可能对胎儿有不良影响。
(7)抗真菌药孕妇易患白色念珠菌阴道炎（念珠菌外阴道病），治疗常用药有克毒唑、制霉菌素等，临床应用未发现有新生儿缺陷发生率增加；酮康唑、伊曲康唑、灰黄霉素、氟康唑、氟胞嘧啶动物实验均有胚胎毒性作用，对人类妊娠胎儿致畸作用尚未有肯定资料报道，故属妊娠C类药物。但近年有报道妊娠期服用灰黄霉素可引发胎儿畸形，发生联体双胎，故孕期一般不推荐使用。
(8)抗结核药物
①利福平胎儿血清浓度低于母亲，动物实验表明有致畸作用，妊娠早期不宜应用，必须服用时应注意肝损害，因有致出血倾向可能，
孕期最后1周服药，孕妇及新生儿应加用维生素K1。
②异烟肼胎儿血清浓度低于母亲，对小鼠胚胎有毒性作用，但未发现对胎儿有致畸作用，虽有报道孕期使用过不同抗结核药物后新生儿畸形率增加，但未肯定。以异烟肼治疗的孕妇同时应加服维生素B6。
③乙胺丁醇未见孕妇用药后胎儿致畸报道，但动物实验有胎儿副作用，孕期有少数孕妇使用后下肢麻木及眼后神经炎等副作用，故妊娠3个月内禁用。
(9)抗菌中草药穿心莲可对抗孕酮，抑制绒毛滋养细胞生成，可导致流产，孕早期不宜应用。
(10)抗肠虫药动物实验表明甲苯咪唑可致畸胎；盐酸左旋咪唑妊娠早期应禁用；阿苯达唑禁用于妊娠和可能代孕的妇女。
(11)抗疟药磷酸氯喹、奎宁、乙胺嘧啶均可致畸，孕妇禁用。
(12)抗病毒药利巴韦林、西多法韦、丙氧鸟苷等均存在致畸作用和胚胎毒性，孕妇禁用。